一是農業面源污染來源多樣化，資源綜合利用程度低。我國農業面源污染來源主要可分為過量使用的農業投入品和缺乏綜合利用的農業廢棄物。我國化肥、生產和使用量均位居世界*，但利用率卻比世界發達低15%—20%。過量的化肥、農膜在土壤和水體中大量殘留不僅影響了農業可持續發展，而且還對食品構成了威脅。

畜禽糞便、秸稈、農膜等綜合利用率低，成為重要的污染源之一。目前在全國，甚至一些規模化畜禽養殖場都沒有配套污染治理設施，其產生的畜禽糞便、污水和惡臭氣體對區域空氣、地表水和地下水造成了嚴重污染，成為農村環境污染的主要因素之一。同時，我國是zui大的水產養殖國，養殖產量約占的70%，面源污染使得水產養殖和環境保護之間的矛盾日益尖銳。

我國農用塑料薄膜覆蓋面積大、消耗量多，每年使用量達260萬噸，占世界消耗總量的60%以上。由于農膜較薄、難降解、回收率低，成為“白色污染”。我國每年產生秸稈9億噸，秸稈就地焚燒不但浪費資源，而且污染空氣。廢棄的秸稈在田溝或河道中腐爛，進入水體造成嚴重的COD污染。雖然我國秸稈綜合利用率達80%，但超過60%的秸稈被直接還田，或者制成肥料、飼料等，這些利用方法技術含量低，每噸秸稈的產值不足500元，這種低附加值的秸稈利用模式亟須轉型升級。

二是農村生活垃圾、污水欠缺處理，環保基礎設施薄弱、運行率低。我國約有4萬個鄉鎮、60萬個行政村和260多萬個自然村，每年產生垃圾量大約為1.5億噸。大部分鄉鎮由于資金匱乏，未配備的固定垃圾轉運站和垃圾運輸工具，生活垃圾亂扔、亂棄，“垃圾圍村”現象非常普遍。據統計數據顯示，我國農村垃圾處理率只有50%左右。農村生活垃圾處理的普遍方式是簡易填埋和露天焚燒，大量隨意堆放的垃圾不僅破壞農村原本的自然生態面貌、浪費了資源，還經常引起害蟲孳生，造成疾病傳播和嚴重的環境污染。

我國鄉鎮污水處理設施建設同樣滯后，河道、地下水和土壤污染問題突出，部分鄉村“污水橫流”。目前，我國有6.74億農村人口，每天產生3000多萬噸生活污水。隨著生活用水、生產量的提高，農村生活污水、農業源廢水污染物排放量還將持續處于高位。盡管污水處理技術日趨成熟，如厭氧—好氧—人工濕地或生態塘工藝等，但我國農村污水處理率很低，目前全國僅有10%左右的農村配套了污水處理設施，已建設施的運行率也不足10%;絕大多數農村污水未經處理而直接排入水體或滲入地下。